يكي از رهبران يامابوشی ها تلاش كرد كه بين پیروان بوديسم و طرفداران شينتوايسم صلح ايجاد نمايد كه نتيجه آن سرازير شدن جنگجـويان دولتی براي سركوبی ياموبوشی ها شد. البته اين عمل نيروهای دولتی باعث شد تا يامابوشـی ها يا نينجـاها به تكميـل فنــون رزمی و جنگـی خود كه بوسيله آن در برابر دشمنان مقاومت می كردند بپردازند. در سال 1192 با شروع دوران فئودال ژاپن تعدادي از طوايف فاميـلي نينجـاهـا منشعـب شـدند و به چريک های حرفه ای و نيروهـای سری تبديل شدند كه به استخدام اربابان ايالات مختلف (دايميوها) در می آمدند. در بين سالهای 1192 و 1333 بعد از ميلاد تعداد مكتبهای نينجا به 25 مكتب با تكنيك هاي خاص خود رسيد. دراكثر اين سالها دو ايالت (كوگا و ايگا) در ژاپن توسط نينجاها اداره می شد.

خانواده های (هاتوری، موموچی، و فوجی باياشی) از معروف ترين خانواده های نينجا بودند. از تحقيقات   بدست آمده عقيده بر اين است كه هنر رزمی نينجوتسو ريشه در قلب تاريخ كهن چين و ژاپن دارد،عقايد و نظـرات فراوانی از شروع و گسترده شدن اين هنر رزمـی درجهـان وجـود دارد. هنـر رزمـی نينجوتسـو با قدمت 800 ساله ريشه در تاريخ دارد و در حقيقت هنری است كه مسئوليت پذيري را مي طلبد.

يك هنرجوي نينجوتسو براي پيروز شدن نيازمند اصول اوليه است كه از جمله برخورداري از روحـي قوی، قلبـی آزاد، هوشی سرشار، روحيـه مبارزه طلـبي و شرايط روحي عـالی و تمركز حواس می بـاشد. نينجـاهـا يـک سيستم و نظم خاص و دقيقی داشتند كه توسط يك رهبر كه به آن (جونين) می گفتنــد اداره می شـد و به كسـانی كه به نينجـاهـا مامـوريـت مي دادنـد (چـونـين) مـي گفتنـد. بـه طبقات پائين تر كه مـاموريت انجــام مـی دادند (جينين) مي گفتنـد . جينين ها در واقـع هيچگاه دستـورات را بطور مستقيـم از جونين دريافت نمی كردند بلكه چونين هــا بعنوان واسطه بين جونين و جينين ها عمل مي كردند و دستـورات و پيامهای جونين را به جينين ها می رساندند. جينين ها براي انجام ماموريت با طرز استفاده اغلب سلاحهاي زمان خود آشنایی كامل داشتند و روانشناسی جامعه را بخوبی میدانستند و با همديگر از طريق رمز ارتباط داشتنـد. اگر احيانا يك نينجا به دام مـی افتـاد و اسـير می شـد (كه بسيار كم رخ مي داد) مردم او را زجـر فراوان می دادند تا بتوانند اسـرار آنها را بدست آورند. بعضی از خانواده های نينجا به دليل جنگ داخلی (دايموها) به قــدرت و نفــوذ رسيدند و اغلـب در مناطق ايگا و كوگا در شرق درياچه بيواء اقامت گزيدند (ادا نبون اگا) كه می خواست تمامی نيروهای نظامی ژاپن را متحد نمايد در سال 1581 ارتشی متشكل از 46 هزار نفر را به جنـگ نينجـاهــا كــه 4 هزار نفر بودند، فرستاد.در اين نبـرد نابرابر اغلـب نينجـاهـا كشتـه و يا اسير شدند و آن تعداد كه توانستند، به كوه ها فرار كرده و با مردم كوهستان به تكميل فنـون مخصوص خود و هر چه كاربــردی  تر كـردن آن پرداختند و هنرهاي رزم خود را از پدر به پسر منتقل كردند.